- 力量不是™2022软件功能蒂姆斯dia-PASEF DIA-NN处理®
- 创新TIMScore dda-PASEF和dia-PASEF库,结合商旅DIA-NN标识从200 ~ 9000蛋白质组ng K562溶解产物在短短35分钟梯度
- TIMScore进一步增加此处则~ 25%的检测
南卡罗莱纳州查尔斯顿——(业务线)我们是国际,力量公司(纳斯达克:电流断路器)宣布蒂姆斯为高通量DIA-NN软件、深度和公正的4 d蛋白质组学工作流。现在小说特性TIMScore算法利用机器学习(ML)预测CCS胰蛋白酶的和磷酸化肽的价值观。TIMScore, CCS测量值对预测CCS引用值在搜索空间内打电话给最可能的任务,即使传统搜索算法无法分配一个肽谱匹配由于歧义产生的低信噪比或嵌合干扰。现在可以使用这些特性的基于gpu的不是2022软件发布,建立IP2软件资产在2021年收购了。
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3 d的箱线图CCS-enabled目标(蓝色)/诱饵(红色)搜索。额外的蛋白质识别第三维度可以减少图片的模糊度并且支持更精确和准确的验证peptide-spectrum匹配(照片:业务线)
丹尼斯Trede博士、生物信息学项目经理力量Daltonics,解释说:“我们开发的变压器模型肽CCS毫升训练集的成千上万的胰蛋白酶的磷酸化肽,包括两倍,三倍,四倍电荷状态。模型导致预测精度为95%胰蛋白酶的磷酸化肽和92%胰蛋白酶的肽,最普遍的天车和生物学意义。理事长绪方然后我们共事一个公布的数据集(et al。),双肽的数量确定了从42930年到98949年,近3.5倍高于最初出版。TIMScore库为dia-PASEF工作流去甚至深入到蛋白质组序列和天车的报道,在规模和吞吐量和出色的敏感度。”
Markus Ralser博士教授,爱因斯坦查利特的生物化学教授,柏林,德国DIA-NN的共同发明人之一,说:“我们正在进行的合作与力量裁缝DIA-NN流线型dia-PASEF数据处理工具CCS重点都是非常有益的。它可以简化和加速识别和量化甚至成千上万的蛋白质很短的梯度。我们很高兴在我们的密切合作与力量,vendor-integrated版本,叫做蒂姆斯DIA-NN、现在变得不是生物信息学平台的一部分。”
罗宾博士公园,蛋白质组生物信息学师力量,补充道:“因为我们的DL训练模型还包含此处则数据,TIMScore增强识别磷酸化psm和肽以年均61%的数据集。更令人鼓舞的是57%的改善此处则确定数量的使用严格5% FLR截止。网站本地化天车很难由于不稳定性,化学计量学,或其优惠离解,更多的培训数据可用,我们将添加更多功能天车TIMScore算法。”
2022年不包括TIMScore算法和蒂姆DIA-NN处理dia-PASEF工作流2 timsTOF SCP timsTOF Pro,timsTOF fleX系统。不使用相同的数据流实时dia-PASEF工作流机制女士,允许触发谱库搜索结束时采集运行,支持高吞吐量的运行并完成4 d蛋白质组学工作流。
引用:
Demichev Nat方法。2020:https://dx.doi.org/10.1038%2fs41592 - 019 - 0638 - x
2021年bioRxiv Demichev:https://doi.org/10.1101/2021.03.08.434385
常Ogata K, CH, Ishihama Y (2010)。磷酸化对肽的碰撞截面的影响离子在离子迁移谱法。质量范围(东京);doi: 10.5702 / massspectrometry.A0093。
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