蛋白定量

精确的相对蛋白质定量是定量蛋白质组学的基石之一。这对于正确理解生物组合或生物标记物面板发现实验至关重要。

量化更多蛋白质

为满足样品限制和产量的要求而开发

精确的相对蛋白质定量是定量蛋白质组学的基石之一。这对于正确理解生物组合或生物标记物面板发现实验至关重要。布鲁克蛋白质组学解决方案提供的速度、选择性、灵敏度和鲁棒性的独特组合,允许用户在有限数量和/或短梯度时间内获得更多蛋白质的可靠定量信息。

PASEF®lfq和4D-Match Between Runs (MBR):从两个世界中获得最佳效果

非靶向蛋白质定量的典型挑战是周期时间(定义色谱峰分辨率),选择离子的唯一性来确定肽量(选择性)和系统灵敏度(低丰度化合物的定量)。基于ms的方法提供了全面的定量结果,但重叠离子降低了这些工作流程的选择性。基于MS/MS (DIA)的定量以降低灵敏度为代价提供了优秀的选择性。

TIMS-PASEF®基于无标签定量(PASEF®-LFQ)结合了两种方法的优点。TIMS提供了一个额外的分离维度,大大增加了选择性,而TIMS细胞的预浓缩效应提供了更高的灵敏度。的PASEF®与传统的DDA方法相比,其速度(>100 Hz MS/MS)大大提高了母体离子选择的再现性。
在这种情况下,timsTOF Pro独特的4D-MBR方法能够以前所未有的灵敏度克服缺失值问题。

三种蛋白质组混合物的无标记定量结果。总负荷为150 ng,以60分钟的梯度分离。PeaksX用于处理,Perseus用于显示。

进入第四维空间

在某些情况下,高度复杂的样品或短梯度分析,100 Hz MS/MS填充率不足以在大量分析中重复选择相同的离子

在这种情况下,可重复的碰撞横截面测定(流动性)实现了4D-Match Between Runs (MBR),最大限度地从无标签量化实验中量化蛋白质的数量,同时保持高通量样品分析的最高置信度。最新的PEAKS和MaxQuant版本支持4D-MBR方法。阅读我们的相应内容LC-MS154应用说明

迈向未来:引入dia-PASEF®
用于数据独立采集(DIA), DIA - pasef®利用分子质量和流动性之间的相关性,以目标最密集的肽区。雷竞技怎么下载额外的维度增加了选择性、灵敏度和更短的循环时间。有关如何dia-PASEF的更多信息®推动4d -蛋白质组学™的极限,阅读我们的LC-MS157应用说明

dia-PASEF®定量结果(使用Biognosys的Spectronaut™处理)蛋白质水平定量结果,用于3-蛋白质组消化的无标签实验。可以鉴定和定量的蛋白质超过8500个,覆盖5个数量级的浓度。

先进的蛋白质组学处理软件

MaxQuant数据处理
MaxQuant,流行的,强大的,开源软件完全支持PASEF®-LFQ数据,使先进的量化,可视化和报告。

先进的软件支持
越来越多的高级蛋白质组学处理软件包现在直接读取timsTOF PRO原始数据:这包括Skyline, Gene data,完整的Protein Metrics套件,Mascot Distiller

PEAKS数据处理
PEAKS Studio由tims数据文件的高性能特征提取提供支持,在基于肽的蛋白质鉴定、无标签定量和DeNovo测序中获得高质量的结果。多种复杂的可视化和导出功能允许用户查看,共享或改进来自多种蛋白质组学分析的结果。

Biognosys数据处理
Biognosys提供完整的下一代蛋白质组学软件产品。Spectronaut软件旨在分析大规模数据独立采集蛋白质组学实验,完全支持dia-PASEF®使用基于库和非库处理的数据。PASEF®Biognosys的SpectroMine软件完全支持数据处理。

为高通量临床研究做好准备

timsTOF Pro独特的能力,可在数千次注射中提供持续的性能,结合增强的LFQ性能,使该系统成为高通量临床研究的理想平台。

数据处理是蛋白质定量和PASEF的关键®-LFQ方法已经被一些最强大的软件套件所支持。

Evosep One/timsTOF Pro用于临床蛋白质组学:连续注射100次50 ng的Hela细胞消化液,以6分钟梯度分离(200个样品/天方法),可重复性和性能水平。左:100次运行的强度相关性。中图:LFQ结果说明。右:不同浓度下物种的可重复性测量。