鸟枪蛋白鉴定

深度与速度:鸟枪蛋白质组学的突破

鸟枪蛋白质组学的突破

深度和速度:鸟枪蛋白质组学的突破

自下而上的蛋白质鉴定一直是生物质谱实验中要求最高的任务之一,需要结合峰值容量、速度和灵敏度,从高度复杂的消化蛋白混合物中测序尽可能多的多肽。timsTOF Pro独特的俘获离子迁移率光谱(TIMS)功能增加了额外的分离维度,从而实现了前所未有的峰值容量和灵敏度,并使PASEF®(并行积累串行碎片)工作流程用于> 100Hz MS/MS,同时在100%占空比下工作,没有灵敏度或分辨率损失。

TIMS-PASEF解决方案

的TIMS-PASEF®解决方案

复杂性问题
在典型的鸟枪蛋白质组学实验中,纳米lc通常使用2小时的梯度分离来自100多万种蛋白质形态的多肽,其浓度可达10个数量级。这对质谱仪来说是一个重大的挑战,因为质谱仪必须尽可能多地检测、分离和分解数百万个由此产生的多肽。为了产生广泛的蛋白质识别信息,添加离子迁移率作为额外的分离维度,有可能极大地提高峰值容量。但是,这绝不能损害速度或灵敏度。

TIMS-PASEF®
TIMS的独特设计使PASEF®浓缩离子包从离子迁移池中洗脱,宽度为2-5 ms,使ms / ms采集速度>100 Hz,占空比接近100%。在速度和灵敏度提高的基础上获得额外的分离,而TOF分析仪允许在所有MS和MS/MS速度下保持超高的MS/MS分辨率。

并行累积串行分段(PASEF®)。timsTOF Pro仪器中的PASEF®策略,其中离子积聚,而第二个TIMS区域是连续洗脱肽种。

PASEF®用于深度蛋白质组学研究

带PASEF的timsTOF Pro®导致特殊的蛋白质鉴定性能和深度分析。当与nanoElute纳米流UHPLC和CaptiveSpray离子源结合时,timsTOF Pro可以常规地从200 ng的HeLa细胞摘要中识别出超过5000个蛋白质组,分离梯度为90分钟。

PASEF®用于提高鸟枪蛋白质组学的产量
惊人的速度可用于减少梯度时间和提高吞吐量,同时保持前所未有的分析深度。用30分钟梯度分离的100 ng海拉细胞消化物可以鉴定出近4000个蛋白质组。

标准PASEF®方法:1.1秒周期时间包含10 TIMS分离事件。平均在每个TIMS分离事件中执行12次MS/MS。

PASEF®提高蛋白质鉴定的敏感性

TIMS分离显著提高了灵敏度,为低浓度样品提供了新的可能性。使用标准PASEF®方法,额外调整,12 ng海拉细胞文摘分离60分钟梯度鉴定超过2900个蛋白组。

临床蛋白质组学的理想伴侣
PASEF®最终使临床蛋白质组学成为现实。该系统的速度和灵敏度相结合,从50 ng的注射中以5分钟的梯度分离,可重复识别超过1400个海拉细胞蛋白组。

三种蛋白质组混合物的无标记定量结果。总蛋白负荷150ng,梯度90min分离。使用MaxQuant进行处理。

Дополнительнаяинформация

仅供研究使用。不用于临床诊断程序。