先导物的发现与优化

完整的工作流程包含片段库质量检查,鸡尾酒设计和自动命中识别到结合的定量评估(Kd)和配体的三维分析。

片段库定义

• 利用软件对片段库进行质量检查 (Mnova齿轮，验证＆qNMR）
• 利用MixDesign的鸡尾酒设计

片段库筛选

• 使用SampleJet处理筛选样品
  
• 可以自动化运行标准或自定义的¹H和¹⁹F核磁共振筛选实验
  
• 低温探头 (QCIF) 带来高¹H和¹⁹F灵敏度
  
• 整合FBS和Mnova屏幕，自动进行¹H和¹⁹F命中检测

结构生物学

Mnova绑定能自动处理蛋白质-配体滴定过程中的2D HSQC，跟踪谱峰移动并计算多个谱峰的Kd值。

先导物优化

自由配体在溶液中采用的三维构象会影响对药物目标的结合亲和力。它们的结构分析有助于加快线索优化。

Mnova StereoFitter使用实验性核磁共振约束(qNOE，化学位移和J耦合)生成一系列的三维构象。

在基于片段的先导物发现(fbld)中片段筛选是发现先导物分子的一种广泛应用的方法。嗯到毫米范围内的弱结合亲和力是片段小分子的特性,检测结合配体,尤其是结合常数较低的配体,需要适当的配体筛选方法。

有许多生物物理方法用于片段筛选，其中NMR最受欢迎，其次是表面等离子体共振(spr)。核磁共振非常适合检测这些配体,在核磁共振筛选的同时还可以对筛选化合物库进行质量控制,使核磁共振优于SPR或TSA等其他方法。

基于片段的筛选(fbs)工具通过简化从采集到分析整个工作流程来彰显nmr数据的力量。所有相关数据,实验类型,化合物ID、参考波谱图和其他信息会被自动收集,存储在项目文件中,并在显示屏上显示相关数据进行分析。

使用IconNMR自动采集¹H和¹⁹F的核磁实验，默认实验已收录在布鲁克片段库中:

• 带有缓冲液/水峰压制的¹H核磁共振筛选实验:¹H 1D，饱和转移差异实验以及waterLOGSY实验
• T2和t1r
• ¹⁹F去耦筛选实验

TopSpin片段筛选功能将采集与分析相结合，采集后的数据由Mnova屏幕自动进行分析，最终结果在Mnova屏幕中以类似PPT的形式呈现。

蛋白质观察筛选使用化学位移扰动(csp)方法。进行目标物与越来越多的配体的h-c相关实验(hsqc)。使用Mnova绑定对数据进行分析，它允许数据的可视化和Kd值的确定。

Mnova StereoFitter根据各种形式的核磁共振实验数据输入,计算三维结构配置和/或构象的概率。目前,StereoFitter可以接受四种不同类型的数据输入,以计算出最佳的三维结构:不,rdc, Js和化学位移。

通过Mnova数据库可以进一步丰富工作流程，例如，存储筛选数据和片段的一维谱，这在片段筛选实验中经常使用。

• 片段被认为具有较弱的亲和力范围(该离解常数Kd在微摩尔(μM]到几毫摩尔(mM)的范围内),而核磁共振在片段结合方面的检测灵敏度可以完美地解决弱亲和力的问题
• 核磁共振筛选实验提供结合和配体/结构信息
• 核磁共振技术在通过实验确定配体在溶液中的构象方面是独一无二的(3 d分析),可以揭示了溶液和结合状态之间的构象变化
• ¹⁹F核磁共振固有的选择性和高分散性，让¹⁹F筛选成为一种别具一格的实验方法
  - 混合物中的片段最多可达30种
  -强大的t2效应带来高灵敏度
  - 选择性：蛋白质样品中不含氟
  -¹⁹F片段库已开放购买
• 一个典型的筛选可以产生数百个谱图。自动化和强大的数据分析软件可以最大程度地降低先导物的发现和优化的手动操作，同时保证卓越的可重现性。
• 所有必备的软件工具现在都已包括在新的先导物发现和优化套装中。您可以联系您的布鲁克销售获取更多信息。