扩展高通量4D-Proteomics™的能力

timsTOF HT

由第四代TIMS-XR和先进的数字化仪技术提供高动态范围和定量细胞和组织蛋白质组学的分析深度。

高通量4 d-proteomics™

高动态范围和定量精度

Основныемоменты

timsTOF HT

扩展高通量4D-Proteomics™的能力

速度
timsTOF HT上的PASEF®技术实现了150 Hz的测序速度,而不影响分辨率或灵敏度。
鲁棒性
独特的仪器设计使强大的性能和常规操作超过数千个样品,而不需要清洗。
灵敏度
第四代TIMS-XR的高电荷容量,增加分析深度。
选择性
在先进的四极杆和飞行时间能力上增加离子迁移分离。

Особенности

timsTOF HT

基于TIMS的离子迁移分离和ccs启用分析

新型timsTOF HT质谱仪配备了第四代高容量TIMS-XR分析仪和先进的数字化技术(ADT)。它提供了更高的动态范围,在高通量蛋白质组学实验中无法比拟的分析深度和定量。timsTOF HT完全启用ccs并支持所有PASEF®采集模式包括PASEF®, dia-PASEF®和prm-PASEF®实现4D-Proteomics™的灵活性。仅仅是不妥协的蛋白质组深度。

Преимущества

不是

最大限度地提高您的识别深度和吞吐量与PaSER的新功能,我们的“运行和完成”数据库搜索平台。TIMScore™蒂姆斯DIA-NN充分利用CCS在飞行中进行更准确的蛋白质鉴定。

Применения

使用dia-PASEF进行快速组织蛋白质组分析®

快速心脏组织蛋白质组学。用短液相色谱梯度和dia-PASEF对不同量的小鼠心脏蛋白质组消化物进行三次重复分析®.在最高样本负荷下,我们共鉴定出4700个蛋白质组,其相对丰度超过五个数量级。在无库模式下使用DIA-NN处理原始数据,并使用“蛋白质组学标尺”方法估计蛋白质拷贝数。

“组织分析是临床蛋白质组学的一个关键领域,但由于组织切片和活检包含大量异质细胞群,因此极具挑战性。的dia-PASEF®timsTOF HT仪器的采集模式可以在大动态范围内量化蛋白质,即使是在心脏组织等臭名昭著的困难样本中,也不会牺牲通量或灵敏度。”

Florian Meier博士教授,德国耶拿大学医院功能蛋白质组学独立研究组

迪亚- pasef细胞系空前深度®,蒂姆斯·黛安娜和帕瑟

对于更高的蛋白质组深度,增加蛋白质消化负荷可以提高识别。采用nanoElute系统,以250 nL/min的速度,在Aurora色谱柱(25cm, 75 μm ID, IonOpticks)上分离60 min,对人细胞系K562 (Promega)的tryptic文摘进行分析。timsTOF HT操作在dia-PASEF®模式使用100毫秒TIMS分离。使用来自uniprot(人工审查)的预测库,使用TIMS DIA-NN处理数据。

靶向血浆蛋白质组学:用30分钟梯度量化550多种蛋白质

我们将PQ500 (Biognosys)稳定同位素标准(SIS)与dia-PASEF结合使用®基于方法,在timsTOF HT上使用30分钟梯度。578个蛋白质(对应804个肽)能被准确定量,数据完整性为> 99%。该方法将传统SMS/MRM方法的选择性和敏感性与易于使用的采集设置相结合,还允许后验定义新目标。

纳米LC柱在更高的样品负载下获得最佳结果

A) TIMS-XR允许在样品负载超过200 ng时增加离子容量。可重复识别~ 6900个蛋白质组和超过86000个独特肽。

B)使用PaSER实时搜索引擎的识别数量TIMScore™用于dda-PASEF高达1600 ng K562胰蛋白酶消化。误差条表示5次重复的标准偏差,上面的直方图显示平均值。

使用PepSep 25系列色谱柱(ID为150 μm,粒径为1.5 μm),对K562 tryptic digest (Promega)样品负载达到1600ng,平均宽度小于5秒。41分钟的梯度时间对于高效的肽分离是足够的,即使在高肽负荷下,也可以通过梯度均匀地洗脱肽。

Отзывы

“我们正在与Bruker合作,将DIA-NN定制为dia-PASEF的精简处理工具®以CCS为重点的数据已经得到了回报。它简化和加速识别和量化成千上万的蛋白质在非常短的梯度。我们很高兴在与Bruker的密切合作中,名为TIMS DIA-NN的供应商集成版本现在成为PaSER生物信息学平台的一部分。”

Markus Ralser教授,生物化学研究所所长,代谢生物化学和系统生物学组组长,Charité,柏林

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